Yuki hecht veel waarde aan de veiligheid van haar service en heeft daarom verschillende beveiligingsmaatregelen geïmplementeerd. De beveiligingsmaatregelen zijn onderverdeeld in toegangsbeveiliging en databeveiliging.
Toegangsbeveiliging is onder meer gebaseerd op identificatie, wachtwoord, tweefactorauthenticatie en bescherming van eigen gegevens. Identificatie gebeurt aan de hand van een gebruikersnaam en wachtwoord. Het wachtwoord wordt door de gebruiker zelf ingesteld, maar de sterkte ervan wordt weergegeven en de klant wordt gestimuleerd om een bewuste keuze te maken. Bij het vergeten van het wachtwoord kan de klant contact opnemen met de Yuki Customer Service om een nieuw wachtwoord aan te vragen. Medewerkers van Yuki vragen nooit naar het wachtwoord van de klant en verstrekken nooit telefonisch een nieuw wachtwoord aan de klant. Bij zes foutieve wachtwoordinvoeren wordt het account voor één minuut geblokkeerd. Tweefactorauthenticatie is beschikbaar voor extra beveiliging.
Bescherming van eigen gegevens wordt bereikt door de aanbeveling om altijd de nieuwste internetbrowser te gebruiken, te letten op de adresbalk, een sterk wachtwoord te gebruiken, het wachtwoord regelmatig te veranderen, en cookies alleen te gebruiken als de toegang tot de computer zelf uitstekend beveiligd is.
De servers van Yuki bevinden zich achter een geavanceerde firewall om ongeautoriseerde toegang via het internet te voorkomen. De servers worden uitsluitend gebruikt voor het hosten van de Yuki-omgeving, waardoor de firewall strikt is geconfigureerd om vrijwel alle verkeer vanaf het internet te blokkeren.
Databeveiliging omvat onder meer dataverkeer, vertrouwelijke gegevens, back-up, gescheiden omgeving per klant, anti-virus software, logs, fysieke serverbeveiliging en dagelijkse monitoring. Er worden verschillende maatregelen genomen om de integriteit, beschikbaarheid en vertrouwelijkheid van gegevens te waarborgen.